Vì Hepburn dựa trên âm vị tiếng Anh mà không phải tiếng Nhật nên nó gặp một số chống đối tại Nhật Bản. Cụ thể, vào ngày 21 tháng 9 năm 1937 pháp lệnh của nội các Nhật Bản công bố một hệ thống thay thế mà nay là Kunrei-shiki để làm hệ La-tinh hoá chính thức của Nhật Bản cho mọi mục đích. Tuy nhiên, pháp lệnh này bị bãi bỏ trong giai đoạn chiếm đóng Nhật Bản của Bộ chỉ huy tối cao lực lượng Đồng minh. Sau đó, pháp lệnh này (có sửa đổi đôi chút) được tái công bố năm 1954.

Năm 1972, bản Hepburn tu chỉnh được mã hoá thành tiêu chuẩn ANSI Z39.11-1972. Năm 1989 nó được đề xuất làm dự thảo cho ISO 3602, nhưng bị loại thay vì hệ Kunrei-shiki. Do đó, tiêu chuẩn Z39.11-1972 chấm dứt vào ngày 6 tháng 10 năm 1994.

Mặc dù Hepburn không là tiêu chuẩn của chính phủ nhưng một số cơ quan chính phủ bắt buộc sử dụng nó. Bộ ngoại giao yêu cầu sử dụng Hepburn trong hộ chiếu, Bộ đất đai, cơ sở hạ tầng và giao thông vận tải yêu cầu sử dụng Hepburn trên bảng hiệu giao thông, gồm có bảng giao thông đường bộ và đường sắt.

Trong các lĩnh vực khác, mặc dù hệ Hepburn thiếu tình trạng pháp lý, nhưng nó vẫn là tiêu chuẩn trên thực tế. Bảng hiệu và biển thông báo của văn phòng thành phố, đồn cảnh sát, đình, chùa và thắng cảnh vẫn sử dụng hệ này. Báo chí và phương tiện truyền thông đại chúng Anh ngữ dùng dạng Hepburn đơn giản hoá. Các tỉnh và thành phố dùng Hepburn trong thông tin dành cho cư dân và du khách nói tiếng Anh. Ấn bản phẩm Anh ngữ của Bộ ngoại giao Nhật Bản cũng sử dụng Hepburn đơn giản. Hepburn cũng được dùng trong giảng dạy tiếng Nhật cho người nước ngoài.